HIV ravi pole enam mägede taga

Edinburgi ülikooli ja IBM TJ Watsoni uurimiskeskuse teadlased käivitasid viis aastat kestva uurimisprojekti, et kiirendada HIV vaktsiini loomist. Uuringutes kasutatakse superarvutil töötavaid simulatsioone ning reaalseid laborikatseid, üritades rünnata viirust nakatamise hetkel.

Täpsemalt püütakse luua aineid, mis mõjuvad viiruse sellele osale, mille abil viiruse geneetiline materjal siseneb inimese rakku. Projekti teeb uudseks püüdlus luua samaaegselt mitmeid vastumeetmeid, mis takistavad viirusel muteeruda. Viiruse muteerumisel muutub ravi kasutuks, nagu juhtub üksikuil vastumeetmeil põhinevate ravimite puhul.

„Meie esmased tulemused on paljulubavad, näidates, et me saame arvutisimulatsioonide abil tuvastada molekulid, mis suudavad takistada inimese nakatumist HI-viirusega. Selle info baasil saavad ravimitootjad kiiremini välja arendada reaalseid ravimeid,” ütles Jason Crain, kes töötab Edinburgi ülikooli füüsikateaduskonnas ja on Ühendkuningriigi rahvusliku füüsikalabori teadusjuht. „Tegu on ravimite loomisel uudse lähenemisega – me ühendame paremate molekulaarteraapiate loomiseks keerukad algoritmid ja eksperimentaaltehnikad, saades sealjuures kasutada tohutut arvutusressurssi selle töö kiirendamiseks.”

Projektis uurivad teadlased peptiidiks nimetatavat viiruse pinnavalgu fragmenti, mis on kriitilise tähtsusega, tekitamaks kehas viiruse rünnaku mõjul immuunreaktsiooni. Tänu selle peptiidi struktuuri ja käitumise mõistmisele saab luua  erinevaid ravimeid, mis mõjutavad  nakatumisprotsessi samaaegselt.

Edinburgi ülikool, kuhu paigaldati Euroopa esimene IBMi Blue Gene superarvuti 2004. aastal, pakub Euroopa ülikoolidest kõige laiemaid superarvuti kasutamise võimalusi. Käesolevas projektis rakendatakse IBM BlueGene/L paralleeltöötlusega superarvutil töötavaid uusi atomistlikke simulatsioonimeetodeid koos ülitäpsete katsetehnikatega, et uurida mitme samaaegse mõjuriga ravimite loomiseks hädavajalike aminohapete ja peptiidide omadusi.

Teine HIV-vastasele võitlusele pühendatud algatus pärineb IBMi Haifa uurimislaborite ja rühma Euroopa partnerite koostööst, kes eelmisel aastal lõid EUResisti nimelise integreeritud HIV-vastase süsteemi. Mahukate andmebaaside ning keerukate andmeanalüüside ja ennustusvahendite integratsiooni tulemusena suudab süsteem ennustada, kuidas HIVi erinevad geneetilised variandid reageerivad spetsiifilistele retroviiruse vastastele ravimeetoditele. Seeläbi aitab süsteem arstidel valida HIV patsientidele sobivaimaid ravimikombinatsioone.